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微生物 : Limnochorda pilosa

微生物株情報

NBRC番号 110152
学名 Limnochorda pilosa
別名（シノニム） 該当データなし
由来 Hokkaido Univ. (M. Watanabe & H. Kojima, HC45)
他保存機関番号 DSM 28787
他株番号 HC45
参考文献
25896353
Limnochorda pilosa gen. nov., sp. nov., a moderately thermophilic, facultatively anaerobic, pleomorphic bacterium and proposal of Limnochordaceae fam. nov., Limnochordales ord. nov. and Limnochordia classis nov. in the phylum Firmicutes. (Int J Syst Evol Microbiol. 2015)

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseLIP_1264
D-allose biosynthesis(NFUNC_0077)
必須A
LRHI
(NRULE_0242)
L-rhamnose isomeraseLIP_0554
Aminoglycoside resistance (by aminoglycoside O-nucleotidyltransferase)(NFUNC_0042)
必須D
ANT3
(NRULE_0154)
Streptomycin 3''-adenylyltransferaseLIP_2795
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphataseLIP_2548
Mercury resistance(NFUNC_0005)
必須A
MERA
(NRULE_0008)
Mercuric reductaseLIP_3367
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須A
MOP
(NRULE_0322)
Putative molybdenum-binding proteinLIP_0636 LIP_2911
C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinLIP_1492 LIP_3365 LIP_2332 LIP_1992 LIP_1275 LIP_0849
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinLIP_1275 LIP_3365 LIP_2332 LIP_1492 LIP_1992 LIP_0849
任意 
MODB
(NRULE_0325)
Molybdate ABC transporter permease proteinLIP_1493
 
MODC
(NRULE_0326)
Molybdate ABC transporter ATP-binding proteinLIP_1014
Phenol degradation(NFUNC_0028)
必須B
PHEA1
(NRULE_0083)
Aromatic ring hydroxylaseLIP_2166
任意 
FDX1
(NRULE_0034)
Putative Rieske-type ferredoxinLIP_1511 LIP_1344 LIP_2707
 
FADR1
(NRULE_0101)
NADH-dependent flavin reductaseLIP_0857 LIP_2519
Pyrroloquinoline quinone biosynthesis(NFUNC_0020)
必須A
PQQC
(NRULE_0092)
Pyrroloquinoline-quinone synthaseLIP_1137
任意 
PQQB
(NRULE_0091)
Coenzyme PQQ synthesis protein BLIP_1136
 
PQQE
(NRULE_0094)
Coenzyme PQQ synthesis protein ELIP_1139
Riboflavin biosynthesis(NFUNC_0058)
必須A
RIBB
(NRULE_0200)
3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthaseLIP_3301
RIBA
(NRULE_0201)
GTP cyclohydrolase-2LIP_3301
RIBD
(NRULE_0202)
Riboflavin biosynthesis protein RibDLIP_3299
RIBH
(NRULE_0203)
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthaseLIP_3302
RIBE
(NRULE_0204)
Riboflavin synthaseLIP_3300
任意 
RIBF
(NRULE_0205)
Riboflavin biosynthesis protein RibFLIP_1697
Streptomycin resistance(NFUNC_0054)
必須B
ANT3
(NRULE_0154)
Streptomycin 3''-adenylyltransferaseLIP_2795
Trehalose biosynthesis (from D-glucose and ADP-glucose)(NFUNC_0032)
必須A
TRET
(NRULE_0121)
Trehalose synthaseLIP_3316
Vitamin B6 biosynthesis (PdxS/PdxT pathway)(NFUNC_0059)
必須A
PDXS
(NRULE_0206)
Pyridoxal biosynthesis lyase PdxSLIP_1094
PDXT
(NRULE_0207)
Glutamine amidotransferase subunit PdxTLIP_1093

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJDB4026
ローカスタグLIP
INSDC entriesAP014924
ステータスComplete
解析状況
コンティグ数1
サイズ(bp) 3,817,036
遺伝子数 3,601
フィニッシングゴール
アセンブル方法SMRT Analysis, v. 2.2
冗長度Unknown
シーケンス方法
  • PacBio RS II
参考文献

データダウンロード

ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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