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微生物 : Nitrospina gracilis

微生物株情報

NBRC番号 該当データなし
学名 Nitrospina gracilis
別名(シノニム) 該当データなし
由来
他保存機関番号
他株番号 3/211
参考文献
23439773
The Genome of Nitrospina gracilis Illuminates the Metabolism and Evolution of the Major Marine Nitrite Oxidizer. (Front Microbiol. 2013)

推定保有機能 >>詳細

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseNITGR_790001
Anthranilate biosynthesis(NFUNC_0038)
必須A
GLAT
(NRULE_0142)
Glutamine amidotransferaseNITGR_780014
TRPE
(NRULE_0143)
Anthranilate synthase component INITGR_780015
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須A
MOP
(NRULE_0322)
Putative molybdenum-binding proteinNITGR_100014
C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinNITGR_250001 NITGR_100012 NITGR_20013
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinNITGR_100012 NITGR_250001 NITGR_20013
任意 
MODB
(NRULE_0325)
Molybdate ABC transporter permease proteinNITGR_100013
 
MODC
(NRULE_0326)
Molybdate ABC transporter ATP-binding proteinNITGR_100014
(R)-pantothenate biosynthesis(NFUNC_0030)
必須A
PAND
(NRULE_0115)
Aspartate 1-decarboxylaseNITGR_590019
PANB
(NRULE_0116)
3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferaseNITGR_590021
PANE
(NRULE_0117)
2-dehydropantoate 2-reductaseNITGR_190057
PANC
(NRULE_0118)
Pantothenate synthetaseNITGR_590020
Riboflavin biosynthesis(NFUNC_0058)
必須A
RIBB
(NRULE_0200)
3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthaseNITGR_910039
RIBA
(NRULE_0201)
GTP cyclohydrolase-2NITGR_910039
RIBD
(NRULE_0202)
Riboflavin biosynthesis protein RibDNITGR_910041
RIBH
(NRULE_0203)
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthaseNITGR_910038
RIBE
(NRULE_0204)
Riboflavin synthaseNITGR_910040
任意 
RIBF
(NRULE_0205)
Riboflavin biosynthesis protein RibFNITGR_250075
Uptake of osmoprotectant(NFUNC_0061)
必須C
BCCT
(NRULE_0220)
BCCT family transporterNITGR_160022

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJEB1269
ローカスタグTX82
INSDC entriesCAQJ01000000
ステータスScaffold
解析状況
コンティグ数4
サイズ(bp) 3,077,713
遺伝子数 2,968
フィニッシングゴール
アセンブル方法
冗長度
シーケンス方法
参考文献
  • The Genome of Nitrospina gracilis Illuminates the Metabolism and Evolution of the Major Marine Nitrite Oxidizer. (Front Microbiol. 2013) PMID: 23439773

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ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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FASTA
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TSV
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