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ゲノム解析部門(NGAC)
Aeropyrum pernix K1T (= NBRC 100138T) プロテオーム解析の概要
好気性超好熱古細菌 Aeropyrum pernix K1T (= NBRC 100138T)の網羅的なプロテオーム解析を以下の4手法により実施しました。
 (1) ペプチドマスフィンガープリント法
 (2) 1次元SDS-PAGE 2次元LC-MS/MS法 (ショットガンプロテオーム法)
 (3) 多次元LC-MS/MS法
 (4) N末端アミノ酸シーケンス法

プロテオーム解析結果
 704個(遺伝子数1700の41%)のタンパク質の発現を確認し、この中にはORFとして推定されていなかった19の遺伝子が含まれていました。

 N末端アミノ酸配列解析の結果、遺伝子の開始点はTTGが主たる開始点であるという、これまでの生物学の常識を覆す事実を発見しました。
 この結果、ORFの約70%の遺伝子開始点が実際と異なることが判明しました。

 これらの結果をアノテーションの見直しに反映し、高精度なゲノム情報としてDOGANからデータの公開をしています。

Aeropyrum pernix K1Tの開始コドン
Aeropyrum pernix K1Tの開始コドン
発表論文
 Proteome Analysis of an Aerobic Hyperthermophilic Crenarchaeon, Aeropyrum pernix K1
Mol Cell Proteomics, 5.5, 811-823.(2006)

DOGANのAeropyrum pernix K1Tプロテオームデータ
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