（１）タンパク質の発現
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目的とする微生物を特定の条件下で培養し、タンパク質を発現させます。その後、培養した微生物から発現したタンパク質を抽出します。 |
（２）タンパク質の分離
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二次元電気泳動像
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抽出したタンパク質（混合物）を二次元電気泳動を用いて個々のタンパク質に分離します（左図）。 |
（３）タンパク質の同定
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分離した各タンパク質のスポットを切り出し、消化酵素を用いてタンパク質を切断します（左図）。タンパク質を切断すると、数〜数十アミノ酸からなる断片になります。この断片をペプチド断片といいます。
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MSスペクトルデータ |
質量分析計を用いて、ペプチド断片の質量（分子量）を測定します。質量分析の結果は、左図のようなMSスペクトルデータとして得られます。 |
質量分析計の例（MALDI- TOFMS：マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析計）
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質量分析から得られたペプチド断片の質量とゲノムデータから予測されるタンパク質のペプチド情報（質量等）を比較し、目的とするタンパク質を同定します。 |
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（４）ゲノムデータベースへの反映
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NITEでは、解析データの信頼性を高めるために、ペプチドマスフィンガープリント法の他、ショットガンプロテオーム法、多次元クロマトグラフシーケンスタグ法、N-末端アミノ酸シーケンス法を用いて解析を実施しています。
得られたタンパク質情報は、ＮＩＴＥのゲノムデータベースに反映させ、ゲノム情報の高付加価値化を図ります。
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