生物遺伝資源情報部門(NBIC) / デフェリバクター属細菌

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デフェリバクター属細菌 (Deferribacter desulfuricans SSM1^T (= NBRC 101012^T))

　デフェリバクター属細菌は海洋研究開発機構の高井らにより、伊豆小笠原弧の水曜海山という深海底熱水活動域のチムニーから分離された好熱性の絶対嫌気性細菌です^[1]。デフェリバクタレス門に属する微生物は単離例が少ないですが、分離株や16S rDNAクローン等の解析から熱水活動域や油田の間隙水などに多数生息していることが知られています。深海底熱水活動域は温度や栄養の面で非常に苛酷な環境であると考えられており、本菌はその環境で優占的に生息していることが報告されていることから^[2]熱水活動域の微生物の生活環の解明に役立つことが期待されてきました。
　ゲノム解析の結果、D. desulfuricans SSM1^T株のゲノムは1本の環状染色体(2,234,389 bp; G+C含量 31.1%)と1本の環状プラスミド(pDF308: 308,544 bp; G+C含量 24.5%)を持つことがあきらかになりました。またこの配列はデフェリバクタレス門で最初に報告されたゲノム情報でもあります。ゲノム配列から遺伝子を推定し代謝系の再構築を行った結果、本菌が多様な有機酸を炭素源・エネルギー源として利用できることもわかり、さらに多数の走化性に関与する遺伝子を持っていることがわかりました。これは温度や栄養が変化しやすい深海底熱水活動域での生息を有利にする効果があるのではないかと推測されています。今後はゲノム情報を元にしてさらに研究が進み、深海底熱水活動域での微生物の生活環が解明されることが期待されます。

Deferribacter desulfuricans 電子顕微鏡写真
高井氏（JAMSTEC)　撮影

	Chromosome	pDF308
ゲノムサイズ(bps)	2,234,389	308,544
ORF	2,117	257
GC含量(%)	31.1	24.5
データベース	DOGAN
NBRC^*番号	101012
代表共同研究先	独立行政法人海洋研究開発機構

(*) 生物遺伝資源部門（NBRC）ホームページ: http://www.nbrc.nite.go.jp/

	塩基配列決定時に使用したゲノムＤＮＡクローンの分譲について
	バイオテクノロジー本部（DOB）では、塩基配列決定時に使用したゲノムＤＮＡクローンの分譲を生物遺伝資源部門（NBRC）において行っています。

References:

[1] Deferribacter desulfuricans nov., a novel sulfur-, nitrate- and arsenate-reducing thermophile isolated from a deep-sea hydrothermal vent.
Takai K, Kobayashi H, Nealson KH, Horikoshi K. (2003)
Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 53:839-846. [PMID:1807210]

[2] Evidence for the presence of thermophilic Fe(III)-reducing microorganisms in deep-sea hydrothermal vents at 13 degrees N (East Pacific Rise).
Slobodkin A, Campbell B, Cary SC, Bonch-Osmolovskaya E, Jeanthon C. (2001)
FEMS Microbiol. Ecol. 36:235-243. [PMID:11451528]

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