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生物遺伝資源情報部門(NBIC)
キタサトスポラ属放線菌 (Kitasatospora setae NBRC 14216T (= KM-6054T))

 キタサトスポラ属放線菌は抗生物質を産生することで有名なストレプトマイセス属放線菌の近縁に位置しており、抗生物質の生産菌としても注目されている菌です。 形態と生活環においてストレプトマイセス属放線菌に似た特徴を持っていますが、細胞壁成分や形態分化の様式においてストレプトマイセス属放線菌とは明確に異なっています。[1]

 本菌は北里大学の大村らによって土壌から分離され、放線菌の新しい属Kitasatosporaの基準株として登録された株です。[2]   この株は液胞の特異的阻害剤であるsetamycin (bafilomycin B1)、bafilomycin A1の生産菌としても知られています。[3] また、ストレプトマイセス属放線菌と希少放線菌の特徴を併せ持つことから分類上の標準としても重要な菌です。

 ゲノム解析の結果、Kitasatospora setae NBRC 14216T株のゲノムは、1本の線状染色体(8,783,278 bp; G+C含量74.2%)を持つことが明らかとなり、 7,569個のORFと74個のtRNA遺伝子、9個のrRNAオペロンが予測されています。ゲノムの形状や末端配列の存在はストレプトマイセス属放線菌のゲノムとよく似通ったものでした。 また、24個もの二次代謝産物を合成すると思われる遺伝子クラスターもしくは遺伝子が予測されました。これは抗生物質の候補化合物生産菌としてキタサトスポラ属放線菌の がストレプトマイセス属放線菌に比肩する存在であることを裏付ける結果となりました。さらに、形態分化に関連する遺伝子や 細胞壁合成に関与する遺伝子の系統解析により、ストレプトマイセス属放線菌とキタサトスポラ属放線菌の進化的な関係に関する考察が行われました。[4] 今後はゲノム情報を元にさらに解析が進み、新規抗生物質の発見やストレプトマイセス属放線菌との系統的関係の解明が進められることが期待されます。



Kitasatospora setae 電子顕微鏡写真
Kitasatospora setae 電子顕微鏡写真
高橋教授 (北里研究所) 撮影


ゲノムサイズ(bps) 8,783,278
ORF 7,569
GC含量(%) 74.2
データベース DOGAN
NBRC*番号 14216
代表共同研究先 学校法人北里研究所 北里大学北里生命科学研究所
(*) 生物遺伝資源部門(NBRC)ホームページ: http://www.nbrc.nite.go.jp/


塩基配列決定時に使用したゲノムDNAクローンの分譲について
バイオテクノロジー本部(DOB)では、塩基配列決定時に使用したゲノムDNAクローンの分譲を生物遺伝資源部門(NBRC)において行っています。



References:

[1] Relationship between cell morphology and the types of diaminopimelic acid in Kitasatospora setalba.
Takahashi, Y., Iwai, Y. and Omura, S. (1983)
J. Gen. Appl. Microbiol. 29:459-465.

[2] Kitasatosporia, a new genus of the order Actinomycetales
Omura, S., Takahashi, Y., Iwai, Y. and Tanaka, H. (1982)
J. Antibiot. (Tokyo) 35:1013-1019 [PMID:7142001]

[3] Setamycin, a new antibiotic.
Omura, S., Otoguro, K., Nishikiori, T., Oiwa, R., Iwai, Y. (1981)
J. Antibiot. (Tokyo) 34:1253-1256 [PMID:7309621]

[4] Genome sequence of Kitasatospora setae NBRC 14216T; An evolutionary snapshot of the family Streptomycetaceae.
Ichikawa, N., Oguchi, A., Ikeda, H., Ishikawa, J., Kitani, S., Watanabe, Y., Nakamura, S., Katano, Y., Kishi, E., Sasagawa, M., Ankai, A., Fukui, S., Hashimoto, Y., Kamata, S., Otoguro, M., Tanikawa, S., Nihira, T., Horinouchi, S., Ohnishi, Y., Hayakawa, M., Kuzuyama, T., Arisawa, A., Nomoto, F., Miura, H., Takahashi, Y., Fujita, N. (2010)
DNA Res. in press. [PMID:21059706]


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