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微生物 : Pelobacter carbinolicus

微生物株情報

NBRC番号 103641
学名 Pelobacter carbinolicus
別名(シノニム) 該当データなし
由来 DSM 2380 <- B. Schink, GraBd1
他保存機関番号 DSM 2380
他株番号 GraBd1
参考文献
該当データなし

推定保有機能 >>詳細

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemasePcar_2234
Anthranilate biosynthesis(NFUNC_0038)
必須A
GLAT
(NRULE_0142)
Glutamine amidotransferasePcar_0731
TRPE
(NRULE_0143)
Anthranilate synthase component IPcar_0730
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphatasePcar_0646
Biotin biosynthesis(NFUNC_0051)
必須A
BIOF
(NRULE_0182)
8-amino-7-oxononanoate synthasePcar_1665
BIOA
(NRULE_0183)
Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferasePcar_1460
BIOD
(NRULE_0184)
ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioDPcar_1459
BIOB
(NRULE_0185)
Biotin synthasePcar_1458
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須A
MOP
(NRULE_0322)
Putative molybdenum-binding proteinPcar_0662 Pcar_2784 Pcar_2109 Pcar_0777
B
MODE
(NRULE_0323)
Putative molybdate-dependent transcriptional regulatorPcar_0662
C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinPcar_2782 Pcar_2087 Pcar_0235 Pcar_2084 Pcar_1738 Pcar_0775
E
CUER
(NRULE_0328)
Copper-responsive transcriptional regulator CueRPcar_1595
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinPcar_0775 Pcar_0235 Pcar_1738 Pcar_2084 Pcar_2087 Pcar_2782
任意 
MODE
(NRULE_0323)
Putative molybdate-dependent transcriptional regulatorPcar_0662
 
MODB
(NRULE_0325)
Molybdate ABC transporter permease proteinPcar_0230 Pcar_2108 Pcar_1736 Pcar_0776
 
MODC
(NRULE_0326)
Molybdate ABC transporter ATP-binding proteinPcar_0231 Pcar_2109 Pcar_0777
Nitrogenase(NFUNC_0094)
必須A
NIFD
(NRULE_0347)
Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chainPcar_2099
NIFK
(NRULE_0348)
Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chainPcar_2100
VNFH
(NRULE_0353)
Nitrogenase reductasePcar_2098
Riboflavin biosynthesis(NFUNC_0058)
必須A
RIBB
(NRULE_0200)
3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthasePcar_1447 Pcar_0884
RIBA
(NRULE_0201)
GTP cyclohydrolase-2Pcar_1447
RIBD
(NRULE_0202)
Riboflavin biosynthesis protein RibDPcar_1445
RIBH
(NRULE_0203)
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthasePcar_1448
RIBE
(NRULE_0204)
Riboflavin synthasePcar_1446
任意 
RIBF
(NRULE_0205)
Riboflavin biosynthesis protein RibFPcar_2151
Trehalose biosynthesis (from D-glucose and ADP-glucose)(NFUNC_0032)
必須A
TRET
(NRULE_0121)
Trehalose synthasePcar_3111

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJNA13337
ローカスタグPCAR
INSDC entriesCP000142
ステータスComplete
解析状況
コンティグ数1
サイズ(bp) 3,665,893
遺伝子数 3,304
フィニッシングゴール
アセンブル方法
冗長度
シーケンス方法
参考文献
  • The genome of Pelobacter carbinolicus reveals surprising metabolic capabilities and physiological features. (BMC Genomics. 2012) PMID: 23227809

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ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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FASTA
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TSV
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1.1 MB 984.0 KB 691.7 KB 293.5 KB